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Table 5 Primers used in bisulfite pyrosequencing

From: Decitabine alters the expression of Mecp2 isoforms via dynamic DNA methylation at the Mecp2 regulatory elements in neural stem cells

Mecp2 region

Sequence

Region 1

F: 5′-TGGGTTTTATAATTAATGAAGGGTAA-3′

R: 5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACATTTTACCACAACCCTCTCT-3′

S: 5′-AGGTGTAGTAGTATATAGG-3′

Region 2

F: 5′-AGTTTGGGTTTTATAATTAATGAAGGG-3′

R: 5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACATTTTACCACAACCCTCTCT-3′

S: 5′-AAGGGTAATTTAGATAAAGAGTAAG-3′

Region 3

F: 5′-GGTGAATTATTTAGTAGGGAGGTTTTAA -3′

R: 5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACAAAAAAAAAACCAACCCCATTCAACTAC -3′

S: 5′-AGTAGGGAGGTTTTAATAG -3′

Region 4

F: 5’-GTTTTAAAAAGTTTTGGGAAAAGGTGTAGT -3′

R: 5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACCTAAACCCTAACATCCCAACTACCAT-3′

S: 5′-AGTTTAATGGGGATTTTTAATT -3′

Region 5

F: 5′-AGTAGAAGTTATTATTTGTGGTGTGTAT -3′

R: 5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACACTATATTACTTCCCAACTCAACTAATT -3′

S: 5′-AGAGGTGTAAGGATTTT -3′

Region 6

F: 5′-GAAGTAGGAAGAATTGAGTTTGAGGATAG -3′

R: 5′-CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACATCTATACACTACCCACATATAATACC -3′

S: 5′-GTTTGAGGATAGTTTGAAT -3′

  1. F: Forward PCR primer, R: Reverse PCR primer (Biotinylated), S: Sequencing primer.