Table 1 Genotype association results using UNPHASED for multiallelic markers and PLINK for dichotomous markers

RS3

305

0.001

0

1

1.00

0.32

311

0.005

2

1

0.33

0.56

319

0.001

0

1

1.00

0.32

321

0.008

3

1

1.00

0.32

323

0.058

19

16

0.26

0.61

325

0.102

31

24

0.89

0.35

327

0.214

45

36

1.00

0.32

329

0.210

43

54

1.25

0.26

331

0.099

25

26

0.02

0.89

333

0.167

44

42

0.05

0.83

335

0.026

6

11

1.47

0.23

337

0.014

4

2

0.67

0.41

339

0.059

14

20

1.06

0.30

341

0.015

4

5

0.11

0.74

343

0.017

5

6

0.09

0.76

345

0.004

2

1

0.33

0.56

Short

0.390

86

65

2.92

0.09

RS11174815

A

0.015

0

7

7.00

0.008 ^a 0

RS1

302

0.004

0

3

3.00

0.08

306

0.161

39

31

0.91

0.34

310

0.448

67

52

1.89

0.17

314

0.193

33

46

2.14

0.14

318

0.079

20

26

0.78

0.38

322

0.096

24

30

0.67

0.41

330

0.014

5

1

2.67

0.10

334

0.005

2

1

0.33

0.56

Short

0.518

78

54

4.36

0.036 ^b

RS3741865

T

0.008

2

1

0.33

0.56

RS1042615

T

0.436

55

58

0.08

0.78

AVR

204

0.002

1

0

1.00

0.32

208

0.010

2

0

2.00

0.16

210

0.108

16

21

0.68

0.41

212

0.272

43

41

0.05

0.83

214

0.461

51

48

0.09

0.76

216

0.040

10

10

0.00

1.00

218

0.006

0

1

1.00

0.32

220

0.064

10

11

0.05

0.83

222

0.001

0

1

1.00

0.32

Short

0.411

79

79

0.00

1.00

RS3803107

T

0.178

32

30

0.06

0.79